Zespół Genomiki Obliczeniowej
Zainteresowania badawcze naszej grupy koncentrują się na wykorzystaniu wysokowydajnych technologii sekwencjonowania pojedynczych komórek w celu zrozumienia heterogeniczności komórkowej zdrowych i chorych złożonych tkanek, ze szczególnym uwzględnieniem oka. Zachęcamy wysoce zmotywowane osoby do skontaktowania się z nami w sprawie możliwości współpracy naukowej.
Opis tematyki badawczej
By uzyskać wiedzę na temat złożoności systemów i procesów biologicznych, konieczne jest zmierzenie i opis interesujących nas cech w pojedynczych komórkach. Transkryptomika i epigenomika pojedynczych komórek pozwalają badaczom odkrywać rzadkie typy komórek, ujawniać różnorodność populacji komórek, wnioskować o trajektoriach rozwojowych linii komórkowych i odkrywać ich mechanizmy regulacyjne. Ostatnie postępy w opracowywaniu wysokowydajnych metod pojedynczych komórek pozwalają naukowcom badać typy komórek i stany ogromnej liczby komórek (1 milion i więcej).
Kontakt:
Tel: +48 609 877 462
Lider: Marcin Tabaka, mtabaka@ichf.edu.pl
Koordynatorka: Lidia Wolińska-Nizioł, lwolinska-niziol@ichf.edu.pl
Kierownicy i koordynatorzy grup badawczych
Starsi badacze
Badacze podoktorscy
Doktoranci
Technicy badawczy
Publikacje
-
Ocelli: an open-source tool for the analysis and visualization of developmental multimodal single-cell data
10.1093/nargab/lqaf040
2025
-
Nature Communications
A combination treatment based on drug repurposing demonstrates mutation-agnostic efficacy in pre-clinical retinopathy models
10.1038/s41467-024-50033-5.
2024
-
The Journal of Biological Chemistry
Conditional deletion of miR-204 and miR-211 in murine retinal pigment epithelium results in retinal degeneration
10.1016/j.jbc.2024.107344
2024
-
The Journal of Biological Chemistry
Restoring retinal polyunsaturated fatty acid balance and retina function by targeting ceramide in AdipoR1-deficient mice
10.1016/j.jbc.2024.107291
2024
-
Proceedings of the National Academy of Sciences
Distinct mouse models of Stargardt disease display differences in pharmacological targeting of ceramides and inflammatory responses,
10.1073/pnas.2314698120
2023
-
bioRxiv
Ocelli: a new comprehensive method for multimodal single-cell data analysis
10.1101/2023.10.05.561074
2023
-
Nature Communications
spinDrop: a droplet microfluidic platform to maximise single-cell sequencing information content
10.1038/s41467-023-40322-w
2023
-
Proceedings of the National Academy of Sciences
Stress resilience-enhancing drugs preserve tissue structure and function in degenerating retina via phosphodiesterase inhibition
10.1073/pnas.2221045120
2023
-
JCI Insight
Inhibition of ceramide accumulation in AdipoR1–/– mice increases photoreceptor survival and improves vision
10.1172/jci.insight.156301
2022
2025 
Otwarte stanowiska w tym zespole
- Testowa oferta pracy CGG – aktywna Rekrutacja otwarta
- Testowa oferta pracy CGG Rekrutacja zakończona
