MINIATURA 6 / NCN

Grant name: MINIATURA 6
Project number: 2022/06/X/NZ2/01765
Principal investigator: dr inż. Stefania Robakiewicz
Source of funding: Narodowe Centrum Nauki
Funding amount: 49 400 PLN
Project status: Zakończony

Tytuł projektu: Badania przesiewowe inhibitorów HDAC z równoczesnym odczytem zmian na poziomie transkryptomu i epigenomu w pojedynczych komórkach nowotworowych.

W ramach grantu Miniatura prowadzone jest pilotażowe badanie mające na celu przetestowanie profilowania odpowiedzi komórek nowotworowych na wybrane związki chemiczne w rozdzielczości pojedynczej komórki i pojedynczego klonu, z pełnym określeniem zmian w transkryptomie i dostępności chromatyny po podaniu leku. Badanie zostało podzielone na kolejne etapy. Na początku ustalony zostanie protokół znakowania populacji jąder komórkowych z łącznym profilowaniem zmian transkryptomu i dostępności chromatyny. Następnie, przy użyciu platformy high-throughput screening (HTS), zbadany zostanie wpływ wybranych inhibitorów deacetylaz histonowych (HDACi) w różnych stężeniach na odpowiedź czterech ludzkich linii nowotworowych reprezentujących jedne z najczęstszych typów raka (pierś, płuco, jelito grube, prostata). Każdy indywidualny warunek eksperymentalny zostanie zakodowany, a następnie pogrupowany w celu przeprowadzenia badań multiomicznych w obrębie pojedynczych komórek. Oddzielne biblioteki będą sekwencjonowane w celu wygenerowania zestawu danych zawierających wspólne profile transkryptomu i dostępności chromatyny odpowiednio dla każdego z warunków eksperymentalnych. Pozwoli to na przyszłe opłacalne HTS z fenotypowaniem pojedynczych komórek.

Całkowite dofinansowanie projektu wynosi 49 400 zł.